Mật mã hai hình vuông sử dụng hai hình vuông 5x5 và có hai loại, ngang và dọc. Hình vuông ngang có hai hình cạnh nhau. Hình vuông dọc có một hình vuông bên dưới hình vuông kia. Mỗi hình 5x5 chứa các chữ cái trong bảng chữ cái (thường bỏ qua "Q" hoặc đặt cả "I" và "J" vào cùng một vị trí để giảm bảng chữ cái cho phù hợp). Các bảng chữ cái trong cả hai ô vuông thường là bảng chữ cái hỗn hợp, mỗi bảng dựa trên một số từ khóa hoặc cụm từ.

Để tạo hình vuông 5x5, trước tiên người ta sẽ điền vào các khoảng trống trong hình bằng các chữ cái của từ khóa hoặc cụm từ (loại bỏ bất kỳ chữ cái trùng lặp nào), sau đó điền vào các khoảng trống còn lại bằng các chữ cái còn lại của bảng chữ cái theo thứ tự A->Z (bỏ qua "Q" để bảng chữ cái phù hợp). Từ khóa có thể được viết ở các hàng trên cùng của bảng, từ trái sang phải hoặc theo một số mẫu khác, chẳng hạn như hình xoắn ốc bắt đầu ở góc trên bên trái và kết thúc ở trung tâm. Việc sử dụng hai hình vuông cho phép tạo ra hai khóa riêng biệt, một khóa cho mỗi hình.

Ví dụ: đây là hai ô vuông dọc cho đang được sử dụng cho các từ khóa "EXAMPLE" và "KEYWORD":

E X A M PL B C D FG H I J KN O R S TU V W Y Z K E Y W OR D A B CF G H I JL M N P ST U V X Z